同样，日本地区的华侨，也是非常多！中国华侨，在日本的人脉更是非常广阔。
至少有十万日本华侨，在日本经商、教书、种田、做工。当然，德川幕府对大明是显得比较友好，尤其是一直希望恢复朝贡。不过，日本的朝贡的文书，在嘉靖年间“倭寇”出现后，已经被过期作废了。后来，本有希望恢复，却是被丰臣秀吉登陆朝鲜给弄砸了。
日本在德川幕府时期，为了显示对中国人友好。落魄的中国秀才到了日本，成为各地大名、幕府高官们奉为上宾。大明的一些大商人，也与幕府保持深厚友谊。
而日本本国的农民，需要上缴一半的收成给藩主、幕府。而幕府和大名们，豪爽的给予一些中国人赐予永久免税的田产。
这种作为，其实是日本传统的对中华上国的崇拜使然，文化、经济、科技、军事，任何一方面皆崇拜的五体投地。
日本德川幕府年间，流传一个故事，某个日本商人献上50只中国麻雀给幕府将军，但是有几只中国麻雀飞走了，那个日本商人只能找了几只日本麻雀来冒充。幕府将军召见商人，欣赏中国麻雀，忽的不悦道：“为什么有几只日本麻雀在滥竽充数？我要的是高贵的中国麻雀，你却胆敢欺骗我！”将军一怒，商人多半会被砍头。商人冷汗连连，最后急中生智道：“将军息怒！上国麻雀到我国，人生地不熟，需要有本国的麻雀作翻译！这几只本国的麻雀，是中国麻雀的翻译呢！”因为，急中生智，那名商人不敢没有被砍头，而且被幕府赏赐众多金银财宝。
那个麻雀的故事，本质也在说明，德川幕府年代，对于中国的崇拜到了极致。以至于中国的麻雀在日本人眼里，也比日本本土的麻雀要高贵。
中国华侨，这个年代，同样是比普通日本人，身份要高贵一些。
在明朝中期，中国海盗汪直，在日本占据大片殖民地，但是因为其没有占领整个日本的志向，而被日本哪些强藩拉拢。而汪直死后，中国海盗在日本的势力有所萎缩，至李旦时中国海盗在日本虽不再拥有直接统治的地盘，但是却也拥有举足轻重的影响力。
郑芝龙继承李旦的势力，与幕府的统治者，以及各地大名、商人保持着一定的交情。像郑芝龙还未发家的时候，娶了日本女子田川氏，生了两个儿子，长子郑成功接回大明准备继承其大明的事业。次子取日本名为田川左卫门，继承其外公田川松的武士身份和郑芝龙在日本的势力和关系网络。这也是郑家在日本贸易上，获得巨大的优势的关键所在。
后世，郑成功反清，甚至能从日本借兵。主要也是因为郑家在日本的关系网非常雄厚。当然了，后来清灭明，忠于大明的郑家败亡之后，日本幕府也转眼翻脸，没收了郑家寄存在日本的上千万两银子。这其实也是日本人崇拜强者因素使然，大明四万军队击败丰成秀吉17万精锐，令日本人崇拜。但是，大明被清朝灭亡，日本人自是不再敬畏。
郑芝豹虽早年读书，后来读书不成，才跟兄长郑芝龙当了海商，也主要以跑日本航线为主，用郑芝豹自然是最佳的人选。
肖图白召见郑芝豹，拿出一份伪造的锦衣卫密信，道：“不久前，我接到锦衣卫日本组织发来的消息，说日本的天主教徒正准备策划一起德川幕府建立以来，最庞大的一次农民起义。”
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