李鸿章又把南京城十万清军全部调动到燕子矶，加上燕子矶原有的十万守军，仅在燕子矶，清军就集结了二十万兵力。
李鸿章又派刘坤一镇守钟山，钟山兵力十五万左右，整个南京，已经投入了三十五万兵力，李鸿章又命令南京周围各州府县的清兵，严加防御，防止华夏军从南京南侧迂回，这些州府的兵力，总计也有十五万，南京一役，清军已然集结了五十万兵力。
谢葆璋到达燕子矶之后，立刻命令清兵征收附近清国百姓的民船，然后把这些民船用铁索相连，横在江面上，以抵挡华夏军的战舰。
谢葆璋又命令部下，在南京招募大批工匠，砍伐巨木做木桩，竖立于水下，木桩外面包裹铁皮，一旦运输船撞上木桩，就会被木桩开膛破肚。
水上防御如此坚固，陆地防御同样不弱，谢葆璋征集十万民夫，在燕子矶一带修筑战壕工事，谢葆璋知道华夏军火力凶猛，故此在战壕里挖掘了很多防空掩体，南京城中的西洋商人也来帮助清国，他们拿出了不少水泥，帮助谢葆璋修筑防空掩体，有了坚固的水泥，清军的掩体可以勉强挡一挡华夏的航空*了。
李鸿章见到谢葆璋修筑层层防御，对谢葆璋大加赞赏，这让刘坤一颇为不满，刘坤一的资历比谢葆璋老多了，于是刘坤一也开始在钟山修筑工事，修筑工事的时候，刘坤一请来了南京城中的美国军事专家。
在美国军事专家的指导下，钟山布满了大大小小的工事，刘坤一甚至把手中仅有的一只炮兵队部署到了山顶，炮兵队有十五门德国造的山炮。
清军在燕子矶和钟山做出如此大的动作，魏泽龙不可能不知道，按照原定计划，魏泽龙要率领部队在燕子矶登陆，可是清军如此看重燕子矶防线，再去硬拼，恐怕会事倍功半。
于是魏泽龙给林飞发出消息，希望能够更改作战策略，林飞立刻召集参谋们商量，参谋们纷纷表示，清军虽然加固了燕子矶防线和钟山防线，可是这两条防线在我军的火力打击面前，并不是不可攻破的，我军完全可以按照预定计划发动攻击。
林飞摇头说道：“大家很了解我，知道我不喜欢和敌人硬拼，我还是喜欢用巧妙的办法攻破敌人，所以大家想一想，有什么巧妙的办法？”
众参谋一时间窃窃私语，这时溪云突然大声说道：“夫君，我们可不可让凝霜姐出动空降兵，直接在南京城空降？”
林飞狠狠瞪了溪云一眼，眼神中满是责备，这么多参谋都在这里，你怎么能叫我夫君？
溪云自悔失言，轻轻一吐舌头，低下头去，林飞正色道：“萨参谋这个想法并不可行，我们的空降兵并没有空降直取南京城的能力。”
众参谋还是没有好办法，林飞笑着说道：“我决定，让部队向南迂回，绕开钟山防线，从清军防御最空虚的南京南侧进攻南京。”
“这怎么能行？”众参谋一片惊呼，纷纷劝道：“陛下您请三思，如果向南迂回，绕开钟山防线，部队需要多走近百公里，这样结束战役的时间肯定会大大增加。”
“还有，如果向南迂回，南部到处都是密集的河流，现在又是五月份，正是降水增多的时节，南部河流会更宽，水流会更急，我们的进军速度肯定会被极大拖慢，现在清军的战略就是拖延时间，等待西方列强干涉，我们可拖不起时间啊。”
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