日本军部在得到裕仁的首肯之后，立即着手布置。他们立即跟东北的哈尔滨的731石井部队取得联系。
731部队全称满洲731部队，是日本侵略军细菌战制剂工厂的代号。为掩人耳目，先后叫过“加茂部队”、“东乡部队”、“关东军防疫给水总部”。731部队是在抗日战争(1937~1945）和第二次世界大战期间，侵华日军从事生物战细菌战研究和人体试验相关研究的秘密军事医疗部队。731部队伪装成一个水净化部队。731部队把基地建在中国东北哈尔滨附近的平房区，建有占地300亩的大型细菌工厂。这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。一些研究者认为超过10，000名中国人，朝鲜人，以及联军战俘在731部队的试验中被害，但是对于数量的多少还存在争议。日本投降前夕，匆忙撤退，为毁灭罪证将工厂炸毁，大批带菌动物逃出，给当地人民带来巨大灾难。
日本关东军第七三一部队，是日本****准备细菌战的特种部队，在战略上占有重要地位。日本军人所谓的小小的哈尔滨，大大的平房，在某种意义上正说明了这一点。就其规模来说，实属世界上最大的细菌工厂。就其地位来说，它归属日本陆军省、日军参谋本部和日本关东军司令部双重领导。人事配备是很强的。拥有从事细菌战研究工作人员二千六百余人，其中将级军官五名，校级军官三十余名，尉级军官三百余名。从一九三六年到一九四二年七月由石井四郎中将为部队长，一九四二年八月到一九四五年二月北野政次少将接任部队长，一九四五年三月到同年八月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。
731部队的负责人石井四郎被告知了日本军部的全盘计划，东条英机要石井四郎迅速完成任务，保证尽快实施。
石井四郎早就期待这一天了，虽然部队在中国各地也经常使用，不过石井四郎认为都是小打小闹的，他喜欢玩大的，就像这次的计划才是他向往的。
石井四郎很快就召集了部下，告知了这次任务，而部下的反映也令他十分的满意，他的部下都是老乡，这些人也都收到石井四郎的影响，他们也一直希望自己的成果能用于实战当中，并且发挥最大的作用。
东南亚属于亚热带，平时就瘟疫横行，特别容易细菌滋生，石井四郎可不仅仅满足上面交代的任务，他希望这次玩的大一点，他打算一次解决东南亚的土著，另外让周边的秦国和中国也不能幸免，这样，日本才能尽快的取得战争的胜利。这次石井四郎把鼠疫、霍乱、炭疽、结核等只要在东南亚的环境中能生存的病菌全部带上。石井四郎用了三天的时间准备，然后日本关东军用飞机直接运往东南亚。
而在东南亚的中村明人等驻军也接到了最终的作战计划，虽然他们很意外，不过不用死人，又能消灭敌人这种事情他们当然愿意配合，没有谁觉得使用细菌弹有什么部队，在他们的眼里除了日本人其他的人种都应该从地球上消失。
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