吉尔露太是一个疯狂的收藏家，热衷于收藏各种稀少的精灵，甚至幻想着收藏“海之神”——洛基亚。
为了满足自己的收藏欲望，吉尔露太计划将三圣鸟全部抓捕，从而引出洛奇亚。
吉尔露太拥有一个庞大的飞行宫殿，装备有人工智能的操作系统，和能够抓捕传说精灵的高科技武器。
吉尔露太利用飞行宫殿上的高科技武器, 成功捕捉到了火焰鸟。
全世界范围内的天气异变，正是因此而起。
然而，他却还不满足，打算继续抓捕闪电鸟。
在抓捕闪电鸟的过程中，意外连同附近的小智一行人以及火箭队三人组，一起抓走。
沉浸于自己世界的吉尔露太，对于这些“意外来客”不以为意, 反而让他们自由活动, 尽情参观自己的“收藏品”。
让吉尔露太没想到的是，正是因为这些“意外来客”，让他的计划出现了变故……
——
由于天气异变，正朝榴柑岛赶去的小智一行人，在海上遭遇了风暴，误打误撞，流落到了一座名为亚西亚岛的岛屿。
在当地的庆典活动中，小智被庆典圣女芙芦拉，推举成传说中的“指挥者”。
通过芙芦拉，小智一行人得知了解决天气异变的方法。
那就是从三圣鸟栖息的三座岛屿中，得到各自的宝珠。
将三种宝珠带到祭坛，由芙芦拉奏响音乐，即可将事件平息。
小智一行人在获得火焰鸟的宝珠后，来到了雷之岛，被正在抓捕雷电鸟的吉尔露太, 一同抓走。
——
小枫乘坐着化石翼龙, 以极快的速度赶往亚西亚岛。
在途中，小枫发现了许多野生的精灵, 都在朝亚西亚岛的方向移动
海面上随处可见的水系精灵，空中更是有密密麻麻的飞行系精灵。
剩下不能渡海和飞行的精灵，则聚在离亚西亚西附近的陆地上，远远眺望着某个方向，仿佛在祈祷些什么。
“连野生精灵都想去拯救世界，我也不能落后呀……”
小枫看着周围的飞行系精灵，不禁感慨道。
“加油呀，化石翼龙，我们马上就要到了！”
化石翼龙煽动翅膀，爆发出更快的速度，从这些飞行系精灵的身边掠过，朝目的地赶去。
随着时间的推移，小枫距离亚西亚岛越来越近……
——
小智一行人在飞行宫殿中，趁着吉尔露太不备，联合火箭队三人组，成功解救出了关押的火焰鸟和闪电鸟。
本以为天气异变会因此而平息，没想到火焰鸟和闪电鸟被解救出来后，异常的愤怒, 反而与突然出现的急冻鸟打了起来。
三圣鸟的攻击, 把飞艇直接击沉, 被迫降落在雷之岛。
在雷之岛上, 小智成功找到了闪电鸟的宝珠，并通过一股神秘的水流，与其他人回到了亚西亚岛。
在亚西亚岛的附近，三只传说精灵展开了激烈的火拼，场面极其混乱，甚至波及到了小智一行人。
眼见，三圣鸟的攻击就要命中小智。
一道巨大的水柱，破开冰层，冲天而起，将三圣鸟的攻击挡下。
从巨大水柱中，露出了一只银白色，体型巨大的精灵。
这只银白色的精灵，正是海之神——洛奇亚。
“海之神，洛奇亚，我一定要收藏你！”
吉尔露太拿起望远镜，眺望远方，仔细欣赏着洛奇亚的身姿，眼里充斥着兴奋与狂热，忍不住开口说道。
“摩鲁蛾，使用催眠粉！”
一股粉末飘洒在了吉尔露太的身上，打断了他的幻想，让其直接昏睡过去。
“所有的事情，都是你这个家伙搞出来的吧？”
看着眼前呼呼大睡的幕后黑手，小枫恨不得给他几拳。
要不是这家伙，小枫也不会为了自保，冒着生命危险来到亚西亚岛。
毕竟，解决恐惧的最好方法，就是面对恐惧。
至于，小枫为什么会出现在这里？
小枫刚靠近亚西亚岛，就看到了吉尔露太的飞行宫殿，从天空坠落，掉到了一座岛上。
试问，谁看到一个不明飞行物坠落，不会想去看一下呢？
正好，小枫刚靠近飞行物的残骸，就听到吉尔露太在说“要抓洛奇亚”。
撞个正着的小枫，那里会不知道，眼前的这个人，就是天气异变的罪魁祸首。
于是，就有了现在的一幕……
小枫似乎是觉得还不保险，从空间背包里，拿出了一根很粗的绳子，将吉尔露太绑在了一大石头上，打算事情结束，再对他进行处理。
解决吉尔露太后，小枫这才放心下心来。
用波导锁定了小智一行人的方位后，趁着三圣鸟与洛奇亚大战，小枫迅速朝其靠近……
现身后的洛奇亚，立即与三圣鸟展开了激烈的战斗，试图制止愤怒的三圣鸟。
面对洛奇亚的威胁，三圣鸟放下斗争，进行“合作”，一同对洛奇亚发动了攻击。
在与三圣鸟交手了几个回合之后，洛奇亚寡不敌众，被三圣鸟的攻击同时命中，掉入了海里。
在将洛奇亚打退后，三圣鸟立即结束了短暂的合作，继续展开混战。
在混战之中，某只圣鸟发射出来的攻击被躲过，阴差阳错的，再次打向小智一行人。
还没从洛基亚被打回海里的场景中，缓过神来的小智一行人，根本来不及躲闪。
面对这道突如其来的攻击，小智愣在原地，下意识地把眼睛闭上，眼前一片漆黑。
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