帝密二十二年（戊寅，前2143），虞舜以崇伯鲧盗用帝之“息石”“息壤”的罪名，将他逮捕治罪，并强行以武力迫使其族人迁往羽山。这时，崇伯鲧的小儿子姒禹已经十九岁，生得虎背熊腰，身高九尺九寸。近年来他一直在跟随父亲治水，他认为父亲治水已经尽力，尧、舜两帝对父亲的处置很不公正，他要求为父亲讨回公道，便指责虞舜说：“如今洪水肆虐，万民受害，治水排险，刻不容缓，怎么能因家父有罪就停止治水呢？希望天子能容许家父戴罪立功，善始善终完成治水大业。”虞舜沉吟良久方说：“你父治水无功，而且犯有重罪，天子不可能再用他领导治水，我看你身强体壮精明强干，不如让我来奏明天子，保举你来领导治水。”就这样，舜把禹带回帝都，向尧帝姜密推荐他代父治水。
帝密二十三年（己卯，前2142），尧帝姜密任命禹为司空，代替他的父亲鲧领导治水。他认真地研究了父亲的治水经验，觉得父亲“开挖河道，疏通百川，引诸水归海”的治水经验是可行的，并没有什么不对，可见尧帝和舜对父亲的治罪，并非是因为治水，主要还是父亲居功自傲，得罪了尧、舜二帝。
姒禹总结了父亲治水无功反而获罪的经验教训，十分注意摆正与尧帝和虞舜的关系，处处小心谨慎。他请求尧帝和虞舜给他调拨足够的人力和物力，同时给予他依法惩治阻碍治水工程的诸侯和部落的权力。尧帝和虞舜见他恭顺老实，没有什么政治野心，便答应了他的所有请求，对他的治水工作给予了大力支持。于是，姒禹一面继续采用父亲所施行的疏通河道、加固河堤、引百川归海的治水方案，一面挑选一批强壮的勇士组成军队，征讨那些阻碍治水的部族，使治水工程大大加快了进度。
帝密二十六年（壬午，前2139），崇伯鲧被流放到羽山后，对尧帝和舜又恼又恨，自己全身心扑在治水大业上，辛苦操劳将近十年，非但没有得到嘉奖和封赏，反而落得个流放治罪的下场，真是可恼可恨！可是自己势单力薄，根本无法与之抗衡。崇伯鲧暗气暗憋，不久他便恼恨成疾，病逝于家中，终年六十二岁。他死后，遗体被葬在了羽山。他的儿子姒禹因忙于治水，无暇去看望父亲，父亲去世他根本就不知道，因此没能参加父亲的葬礼。父亲死后月余，他才得到凶信，只好望空拜祭，放声大哭。
帝密二十七年（癸未，前2138），姒禹化悲痛为力量，决心努力完成父亲遗留下来的治水重任，以此取信于天下，赢得民心。他始终认为，他的父亲崇伯鲧是尧和舜迫害致死，这杀父之仇将来一定要报。姒禹仍然采用的是父亲鲧的治水方法，筑坝挖沟（远古时称河为沟），清理水道。筑坝时，仍使用圣山上的“息石”和“息壤”，以镇河妖。可是，天子并没有因为他动用了“息石”和“息壤”而对他治罪。可见，当年天子治鲧之罪，并非是因为他盗用了“息石”和“息壤”，而是因为他与虞舜争权。姒禹把这一切都暗暗记在了心里。
帝密二十八年（甲申，前2137），禹在治水工程中遇到了阻力，一些居住在黄河和长江沿岸的部落，为了本部落的局部利益，不允许禹在他们的土地上开挖河道，严重的影响了工程的进度。禹被迫向天子申请，要求建立一支维护治水的专业武装部队，对阻挠治水的部族进行打击和征伐。这一建议得到了尧帝和虞舜的支持。于是，禹便挑选一批勇武的壮士组成军队，使专人对这支军队进行军事训练。接着便开始以武力征伐那些阻挠开挖河道的部族，迫使他们牺牲局部利益，顾全治水的大局。
帝密二十九年（乙酉，前2136），姒禹先后以武力征服了曹、魏、屈骜、有扈等诸候国，不但使治水工程得以顺利进行，还逐步扩大了自己的政治势力和军事力量。一次次征战的胜利，也使姒禹进一步认识到拥有一支强大的军队的重要性。
帝密三十年（丙戌，前2135），姒禹治水八年到达涂山（今浙江绍兴市西北约四十五里），结识了涂山氏的少女女娇，二人一见钟情，很快便在族人的主持下结了婚。为了治水大业，姒禹婚后四天便告别爱妻，踏上了治水的征途。女娇与他情深难舍，依依惜别，一直目送他望不见踪影，才独自带着侍女归家。姒禹也深爱着女娇，在治水的日子里，他时常梦见女娇依偎在自己怀里。他真想长上一双翅膀飞到女娇的身边。但是他不能，治水的责任重如山，他怎么能因为一己私情而误了治水大业呢！为了控制自己的情感，他后来曾三次路过家门都没有进去探看妻子，这不是因为他心狠，而是他实在不忍心再面对那痛苦的离别之情。在他最后一次路过家门时，一位邻居告诉他，说他的妻子为他生下了一个儿子，让他回家去看看。他拒绝了，只是给儿子起了个名字，叫作启。让邻居转告他的妻子女娇，说等他治水成功以后，马上就会回家去看望她和孩子。然后便匆匆赶往治水工地。
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